Джон Фрусчанте младший родился 5 марта 1970 года в Нью-Йорке. Он рос в хорошей семье, у него были любящие родители, два брата и две сестры. В 13 лет дедушка дарит Джону гитару и отдает его на курсы классический гитары. С этих пор и начинается увлечение Джона музыкой. В 16 лет Джон уходит из дома и снимает квартиру. Он проводил дни, играя на гитаре под записи Джимми Хендрикса, Френка Заппы, Эрика Клептона, Джимми Пейджа и т. д.