Эдди Веддер родился в 1964 году в семье музыкантов Эдварда Северстона младшего и Кэтрин Ли Веддер. Родители развелись через год, после рождения первенца, и Кэтрин Веддер вскоре вышла замуж за состоятельного адвоката Питера Мюллера. Долгое время Эдди считал Мюллера своим родным отцом, и только после ухода отчима из семьи, его мать во всем ему призналась - впечатление, по словам Веддера, было настолько убийственное, что на некоторое время он ушел из родительского дома и начал зарабатывать первые деньги самостоятельно - в качестве коридорного в гостинице.